Nel VII sec. a.C. i coloni greci Calcidesi, attratti dai giacimenti minerari, fondarono, su un’altura nei pressi dell’attuale centro abitato di Fiumedinisi, la colonia di Nisa, e diedero al fiume del luogo il nome di Chrysorhoas (Aurea Corrente). In epoca normanna il centro abitato fu trasferito presso l’attuale sede con il nome di “Flumen Dionisyi”. In questa valle, nel 1197, trovò la cagione della sua morte l’imperatore Enrico VI Hohenstaufen, padre di Federico II (lo “Stupor Mundi”). Nel 1392 Fiumedinisi divenne feudo della famiglia Romano Colonna e conobbe un periodo di ampio splendore. Durante la rivolta antispagnola di Messina del 1674-78 Fiumedinisi rimase fedele alla Corona e i messinesi videro in Fiumedinisi il “Paese più nemico di Messina”. (Laloy). Per questo motivo il paese fu saccheggiato dai messinesi i quali depredarono ovunque, “commettendo sulla popolazione eccessi inenarrabili”. (Galati). La ricostruzione avvenne per opera del Re Carlo II il quale espresse la sua “reale gratitudine” con un messaggio ancora oggi leggibile su una lapide posta sul prospetto principale della chiesa Matrice. Fiumedinisi fu pesantemente colpito dalla epidemia di peste del 1743 e profondamente devastato dalla tremenda alluvione del 1855 la quale causò la perdita di importanti strutture produttive tra le quali la fabbrica di Mussola, che dava lavoro a più di mille persone, e la fonderia mentre lo stabilimento cartaceo di S. Giorgio subì dei danni. Fino agli inizi degli anni 60 dello scorso secolo a Fiumedinisi era attiva l'estrazione mineraria.